После принятия в 301 году христианства в Армении в качестве государственной религии в Арцахе также были созданы епархии, составлявшие в духовном и административном планах органическое целое с армянской церковью.

В период потери Арменией государственности и исходя из новых исторических реалий, армянская церковь приводила свою миссию в соответствие с требованиями времени, создавая отдельные католикосаты. Одним из таких католикосатов был Агванский, который в духовном отношении подчинялся Кафедральному Собору Св. Эчмиадзина. Место размещения католикосата неоднократно менялось, однако с тринадцатого века он окончательно обосновался в Гандзасарском монастыре, в церкви Св. Ованеса Мкртича (Иоанна Крестителя), которая построена в честь доставленной сюда головы Ованеса Мкртича.

В 1805 году Арцах освободился от персидского ига и присоединился к России. В 1815 году российское правительство понизило статус католикосата до статуса митрополитства.

В 1923 году советским режимом Арцах вместе с двумя другими историческими областями Утиком и Гандзаком был насильно включен в состав новосозданного Азербайджана, который планомерно стал вытеснять армян из этих регионов, закрывать монастыри и церкви, подвергать ссылке и расстрелу тысячи христианских священнослужителей. К 1930 году здесь не осталось ни одной действующей церкви и священника.

В 1988 году, с началом национально-освободительного движения в Арцахе, представилась возможность восстановления Арцахской епархии. Первой из открывшихся в 1989г. церквей стал Гандзасар. Ныне в епархии – 10 священников, отреставрированы и открыты 17 церквей, в том числе построена одна новая, идут работы по восстановлению и строительству других.

Духовным центром епархии является Гандзасарский монастырь, у которого богатые исторические традиции, а административным центром и резиденцией главы епархии – город Шуши с Кафедральным Собором – церковью Аменапркич (Казанчецоц) ("Аменапркич" в переводе с армянского -"Всеспаситель").

В епархии действуют теологический центр "Гандзасар", где опубликовано более 50 ценных религиозно-теологических книг, ведётся религиозная радиопередача "Гандзасар", функционирует центр христианского воспитания и проповеди, который следит за деятельностью воскресных школ и проведением занятий по религии в общеобразовательных школах Арцаха. Также действуют Шушинская духовная семинария, информационный центр, центр Христианской культуры, детский христианский театр, церковная братия и др.

Одной из важных направлений деятельности епархии является благотворительность -- в Степенакерте открыт дом престарелых, а в Ереване - детский дом "Затик" .

С момента восстановления Арцахской епархии в 1989г. и по сей день предводителем ее является архиепископ Паргев Мартиросян.